Université de Liège - Centre de l'Oxygène, Recherche et Développement (CORD)

L'oxygène et la vie: Tome II - L'oxygène en pathologie des mammifères

Mitochondries et métabolisme de l'oxygène

Première partie : Mitochondries et oxygénation

Carol Deby

Abréviations

AAC : protéine de transport intramatriciel de l’ADP et de sortie de l’ATP
ADP ; dADP : adénosine diphosphate ; déoxyadénosine diphosphate
ADN: (= DNA) : Acide DésoxyriboNucléique (=DesoxyriboNucleic Acid)
aMK : N-acétyl-5-méthoxykynurénamine
AIF : Apoptosis-Inducing Factor, facteur inducteur de l'apoptose
ALA : 5-aminolévulinate
ANT : Adenine Nucleotide Translocase
Apaf : Apoptotic Protease Activating Factor
ARN: Acide RiboNucléique ou RNA, RiboNucleic Acid
4-AT : TEMPO (nitrone utilisée en résonance paramagnétique électronique)
ATP ; dATP : adénosine triphosphate ; déoxyadénosine triphosphate
ATR : atractyloside (inhibiteur de l’ANT, adénine nucléotide translocase)
Bax : protéine pro-apoptotique de la famille Bcl-2
Bcl-2 : famille de protéines pro-apoptotiques (Bax, Bad et Bak) et anti-apoptotiques (Bcl-2 et Bcl-xL)
CAD : Caspase-Activated DNAase
Caspase : Cystéine-ASPArtate protéaSE
CAT : catalase
CcO : cytochrome c oxydase (= CoIV)
CK: créatine kinase
CL : cardiolipine
Co : complexe de la chaîne de transport des électrons mitochondriale :
       CoI :NADH déshydrogénase ou NADH-CoQ oxydoréductase
CoII : succinate deshydrogénase
CoIII : cytochrome c réductase ou CoQ-Cyt c oxydoréductase ou complexe bc1
CoIV :cytochrome c oxydase (CcO)
CoV : ATP synthase ou F0-F1
CoA : coenzyme A
CoQ : coenzyme Q ou ubiquinone
CoQH₂ : ubiquinol (forme réduite de CoQ)
CoQH^• (ou CoQ^•) : radical semiquinone
CPB : conductance basale des protons (« fuite » de protons)
Cycle de Krebs = cycle de l’acide citrique
CyP-D : cyclophiline D
Cyt c : cytochrome c
DD : death domain; région de 80 acides aminés situés à l'extrêmité intracellulaire du récepteur Fas et qui fixera le domaine DD de la FADD
DED : Death Effector Domain; domaine de FADD qui fixe la procaspase 8.
DIDS : 4,4’-diisothiocyanostilbène-2,2’-disulfonate
DNA ou ADN : desoxyribonucleic acid ou acide désoxyribonucléique
ΔΨ_m : différence de potentiel transmembranaire mitochondrial
EGF : Epidermal Growth Factor
ETC : Electron Transport Chain : chaîne de transport des électrons mitochondriale
FADD : Fas-Associating protein with Death Domain : protéine cytoplasmique qui se lie au complexe FAS-Fas ligand par son domaine DD et qui fixe la procaspase-8.
FAD(H₂) : flavine adénine dinucléotide (H₂ :forme réduite)
FAS (death receptor) : protéine membranaire fixatrice de FAS L
FAS L ou FAS ligand : protéine qui se lie sur un récepteur de mort (death receptor)
FMN(H₂) : flavine mononucléotide (H₂ : forme réduite)
FMNH : flavine mononucléotide, forme semi-quinone
Grx : glutarédoxine
GPx : glutathion peroxydase
GSH : glutathion
GS-NO : glutathion nitrosé
GS-SG (ou GSSG) : dimère de glutathion oxydé
GSSG-R ou GR: glutathion réductase
GST : glutathion-S-transférase
HIF : hypoxia-induced factor
HSP : Heat Shock Protein ou chaperones
HVTP : 2-hydroxyamino-vinyl couplé au triphénylphosphonium
IMAC : Inner Membrane Anion Channel
KHE : K⁺/H⁺ exchanger
L-NMMA : L-N-monométhylarginine
LPS : lipopolysaccharides (ou endotoxines)
MAPK: mitogen activated protein kinase
mCU (ou UP) : mitochondrial Ca²⁺ uniporter
mitCAT : catalase mitochondriale
mitDNA : DNA mitochondrial
mitKCa (ou mitK⁺_Ca2+) : mitochondrial calcium-activated K⁺ channel
mitKATP (ou mitK⁺_ATP) : mitochondrial ATP-activated K⁺ channel
mitNOS : NO synthase mitochondriale
mitROS : espèces réactives de l’oxygène (ROS) produites dans la mitochondrie
Mn-SOD : superoxyde dismutase à manganèse (mitochondriale)
mPT ou MOMP: mitochondrial Permeability Transition ou Mitochondrial Outer Membrane Permeabilization
mPTP ou mégapore : mitochondrial Permeability Transition Pore (ne pas confondre avec MPTP qui est le méthyl phényl tétrahydropyridine, un toxique mitochondrial)
NAD(H) : nicotinamide adénine dinucléotide (H : forme réduite)
NADP(H) : nicotinamide adénine dinucléotide phosphate (H: forme réduite)
NCE : Na⁺/Ca²⁺ exchanger
NHE : Na⁺/H⁺ exchanger
NOS : NO synthase
OxyPhos : phosphorylation oxydative
Pi : phosphate inorganique (mélange équilibré de H₂PO₄^- et HPO₄^2-, à pH 7)
PDGF : Platelet-Derived-Growth Factor
PHGPx (GPx4) : phospholipide hydroperoxyde glutathion peroxydase
PIC : canal des ions phosphates (Phosphate Ion Channel)
PKA : protéine kinase A
PKC : protéine kinase C
pO₂ : pression partielle en oxygène
Prx : peroxyrédoxine
P-SH : protéine thiolée
RaM : rapid mode
RIRR : ROS-induced ROS release
RNA : RiboNucleic Acid ou ARN, Acide RiboNucléique
ROOH : hydroperoxyde (lipidique)
ROS : Reactive Oxygen Species : espèces réactives de l’oxygène
SAM : Sorting and Assembling Machinery
SOD : superoxyde dismutase
TIM : Translocase of Inner Membrane
TNF-α : Tumor Necrotizing Factor-α
TOM : Translocase of Outer Membrane
TPP : triphénylphosphonium
Trx : thiorédoxine
TrxR : thiorédoxine réductase
UCP : Uncoupling Protein : protéine découplante
UP (ou mCU) : mitochondrial Ca²⁺ uniporter
UQ : ubiquinone (= CoQ)
UQH₂ : ubiquinol (= CoQH₂)
UQH^• : radical semiquinone (=CoQH^•)
VDAC : Voltage Dependent Anion Channel ou Voltage Dependent Anion-selective Channel
Vit E : vitamine E (tocophérol)
Zn-Cu-SOD : superoxyde dismutase à cuivre et zinc

Formules chimiques et unités

CO₂ : dioxyde de carbone
Fe^IVO₂ : ion ferryle
H⁺ : proton
H₂O₂ : peroxyde d’hydrogène
HO^• : radical hydroxyle
HOCl :  acide hypochloreux
H₂PO₄^-, HPO₄^2-, PO₄^3-: formes d’ions phosphates, selon le pH
^•NO :monoxyde d’azote
NO⁺ : ion nitronium
NO₂• : dioxyde d’azote
NO₂^- : ion nitreux
N₂O₃ : sesquioxyde d'azote (anhydride nitreux)
pO₂ :pression partielle en oxygène
O₂ : oxygène moléculaire
O₂^• : anion superoxyde
ONOO^- :peroxynitrite
-SH :fonction thiol
-S-S- : fonction disulfure

Cal : calorie
Da : Dalton
e^- : électron
eV : électrons-Volt (MeV : mégaélectrons-Volt)
J : Joule
kDA : kiloDalton
kJ : kiloJoule
kCal : kiloCalorie
K_m : constante de Michaelis-Menten
Pa : Pascal
V : Volt
V_max : vitesse maximale